凹版印刷機在使用的過程中會出現顏色無法完全重疊的現象，造成這一現象的原因主要有以下兩個方面：
第一是操作工藝
張力設置不合理，張力太小，基材松弛，縱橫向套色均不準;張力太大，基材橫向收縮以及縱向套色不穩定，據此相應調節張力。溫度不合適，特別是烘箱溫度太高，冷卻輥溫度太高使薄膜變形，對于不太平整的薄膜應適當提高預熱箱溫度。烘箱中進排風量不平衡，造成薄膜在烘箱中抖動，應用風速計測量進排風量，加以控制。版輥安裝不合適，如產生偏心，在版輥安裝前一定要把堵頭上的油墨洗干凈。
關于這樣的問題的處理對策主要是裝刀時必須平整、細心、裝刀前要檢查刮刀片是否有缺口裝刀后必須仔細研磨，在印刷過程中如有刀絲出現，須停機再仔細研磨，嚴禁磨刀的油混入油墨中。
第二是設備因素
整個設備的精度和性能，套印的張力控制，加熱送風系統，壓印橡膠輥、版輥、版軸、導向輥等系統的配合，這些情況決定了套印時的溫度、壓力、平行度、伸長率、卷取等，而套色系統本身更是限定了其精度。版輥的遞增不合適，易產生縱向套色不準，壓印輥橡膠變形，彈性不足。要保持壓輥處于良好的狀態。
在使用凹版油墨、間接凹版油墨或苯胺油墨的情況下，用K Printing Proofer(KPP)凹版打樣機能夠快速制得樣品;由于具備激光雕刻印刷凹版和可達40米/分鐘的高印刷速度，KPP是液態油墨生產廠家和用戶的重要工具。